Suas obras podem ser divididas em três grandes períodos:

* Período arqueológico : busca estabelecer um estudo utilizando o que ele chamou de método "arqueológico" das estruturas das ciências humanas, em especial da História e das Ciências Sociais. Também foram examinadas à exaustão, nesse período, a Filosofia, a Linguística e a Literatura. As principais obras do período arqueológico são As palavras e as coisas e Arqueologia do saber.

* Período genealógico: marcado pela publicação das obras A verdade e as formas jurídicas, Vigiar e punir e Vontade de saber (esse último como o primeiro volume de História da Sexualidade). Nesse momento, o filósofo francês passou a se preocupar com as formas de poder e subjetivação na sociedade.

Profundamente influenciado por seus anos de clínica psicológica em manicômios e prisões e pelo método genealógico de Nietzsche, o filósofo passou a tentar estudar a formação do que ele denominou de sociedade disciplinar.

 Segundo o filósofo, a humanidade seria organizada em formas diferentes e em momentos diferentes mediante o modo que ela lida politicamente com elementos relacionados à vida (biopolítica). Entre esses modos de organização, o filósofo encontrou, entre as sociedades modernas e a sociedade contemporânea, uma diferença crucial, em especial o modo de domínio político nas antigas monarquias e nos sistemas políticos recentes. O pensador caracterizou essas diferenças como relações microfísicas e macrofísicas, descritas a seguir:

• Macrofísica do poder: o poder existia e era exercido em grande escala (macro) por meio do monarca, que era o único responsável por aplicar, pelo medo, a atividade necessária para controlar as vontades díspares mediante sua própria vontade.

• Microfísica do poder: relacionada ao poder exercido pelo que ele chamou de sociedade disciplinar, era uma rede de poderes pequenos, exercidos em pequenos núcleos sociais por meio da aplicação de técnicas disciplinares que docilizariam os corpos das pessoas, treinando-os para as atividades diversas. A escola, a igreja, o quartel, a fábrica, a cadeia e o hospital seriam instituições disciplinares que aplicam a disciplinarização dos corpos, enquanto os líderes de pequenos núcleos de poder, como os pais na família patriarcal, exercem algum tipo de poder microfísico em cima das pessoas subjugadas a ele.

* Período final ou o último Foucault: Nietzsche aparece mais uma vez na teoria foucaultiana, dessa vez com mais força. O filósofo francês utilizou as teorias de seu influenciador alemão, sobretudo nas análises dele sobre os gregos antigos, para imergir na cultura grega em O uso dos prazeres e desvendar o modo como a sociedade grega encarava a sexualidade.  Nesse último período, uma nova maneira ética também apareceu e deu nome, “Cuidado de si”, ao seu último escrito publicado. Os dois últimos volumes de História da Sexualidade, além de artigos acadêmicos, compõem a totalidade da obra publicada no último Foucault. Palestrou e lecionou ao redor do mundo: Tunísia, França, Estados Unidos, Brasil, Alemanha, Suéci entre outros.